У Пророка есть ответ на этот вопрос
ТОВАРИЩИ ДЕПУТАТЫ! УВАЖАЕМЫЕ ЧЛЕНЫ ПРАВИТЕЛЬСТВА! ПРОТИВНИК ] ПОЛУЧИЛ ПРЕВОСХОДСТВО В ВОЗДУХЕ | И УНИЧТОЖАЕТ НАШИ ТАНКОВЫЕ ЧАСТИ СИЛАМИ ДРОНОВ И ШТУРМОВОЙ АВИАЦИИ! У ВОЕННЫЕ СИЛЫ НАТО ЗАХВАТИЛИ МНОЖЕСТВО ПЛАЦДАРМОВ! СИТУАЦИЯ КРИТИЧЕСКАЯ! Я ПРОШУ ВАС ДАТЬ РАЗРЕШЕНИЕ НАНЕСТИ ЯДЕРНЫЙ УДАР ПО
Маркус с запада, из армии Создателя. Создатель проводил эксперименты по улучшению интеллекта супермутантов, для этого похищая жителей убежищ, и добился определенных успехов на этом поприще, в его армии было много умелых офицеров и они могли продолжить дело даже после смерти Создателя. Да многие из них живы даже на момент действия Нью-Вегаса, а ведь прошло уже больше сотни лет после действия первой части.
Эксперимент по созданию целой армии хорошо вооружённых супермутантов?
Ну, как бы из-за главного недостатка супермутантов - они стерильны

Зачем им делать новых мутантов? Они же тут реально тупые и у них нет руководителя, который заставлял бы их это делать. Их больше при их умственном развитии беспокоит, что пожрать, чем продолжение существования мутантов.
Ну это вообще очень натянуто. В первой части их клепал одержимый своими идеями Создатель, и хотя он их клепал практически в промышленных масштабах, к события Нью-Вегаса их уже осталось очень мало и практически все они сначала предпочтут поговорить, а только потом стрелять. Почему так много мутантом в 3-ке и 4-ке - большой вопрос. Если в 3-ке хотя бы есть источник мутации (только зачем мутанты постоянно делают новых, у них же нет централизованного руководства), в 4-ке вообще никак не пытаются объяснить, просто ставят перед фактом
А у меня все было по канону при первом прохождении, собачка погибла в Марипозе, а Яна сжег супермутант в Некрополе
Собачка точно могла себя укусить, а здоровья у нее было мало, но очень сильный урон, вот и иногда могла сдохнуть. Но с какого-то уровня она становилась Мастером Рукопашной (вроде единственный Мастер Рукопашной в игре) и тогда количество критических промахов близилось к нулю
Еще там можно было поработить разум проституток и ходить в окружении полуодетых девиц, как злодей из боевиков 80-х.
Один чувак на форуме как-то писал, что занял себе уголок в канализации Таранта, потом подчинял разум персонажей, приводил их в канализацию и там превращал их в каменные статуи, устроил себе музей из значимых персонажей игры.