В большинстве случаев если не ставил прямо перед этим моды, Save Cleaner помогает, для F3/New Vegas. Даже в Скайриме такое было, играешь себе а потом бах и не играешь. https://www.nexusmods.com/fallout3/mods/18747 для ф3.
Вот тут они подробно описывают ситуацию. В общих чертах, когда выйдет 1.5, они попытаются сделать чтоб все моды работали, вроде они с Беседкой это делают, и пытаются сделать чтоб юзерам было менее геморно. https://www.nexusmods.com/fallout4/news/12770/?
Говорят что в патче 1.3 сказали что бесконечные квесты это ошибка ) https://bethesda.net/#en/events/game/fallout-4-1.3-update/2016/02/01/70
*Fixed an issue with Minutemen quests repeating improperly
https://www.nexusmods.com/fallout3/mods/18747 для ф3.
https://www.nexusmods.com/fallout4/news/12770/?
https://bethesda.net/#en/events/game/fallout-4-1.3-update/2016/02/01/70
*Fixed an issue with Minutemen quests repeating improperly